警视厅湾岸署管辖范围边境的小河中发现一具溺水的尸体。司法解剖的结果：竟然被尸体的胃部发现一只小熊玩具！如此凶残的凶手到底是谁？此时，警视厅副总监竟然又在自家门口被人绑架！
湾岸署高层以发生时间不在本区管辖范围内不愿参与案件，青岛俊作（织田裕二饰）决定自己行动、展开调查！而此时，湾岸署警局内部又发生了盗窃事件。
一案未平，一案又起！湾岸署最痛苦的三天，青岛俊作能在错综复杂的案件中找出事件的真相吗？
《跳跃的大搜查线》系列电视剧首次搬上银幕，电影版第1部震撼登场。