小美是一个年幼的女孩，她与父亲秀力．史诺顿博士住在一处名叫“绿色原野”的地方，这是一片可以使人心境安宁的大草原。某天，秀力博士因为发现未知图腾的木刻板而失踪，留下小美孤单一人生活在大宅内。由助手帮忙带回的木刻板上记载了许多类似英文字母的图腾（未知图腾苏醒前），感到无限孤独的小美便顺手排出了如右图的文字：爸爸、妈妈、我（PAPA、MAMA、ME）。
而不知名的神奇宝贝“未知图腾”就因此来到这世界上。由于“未知图腾”的力量，小美所居住的大房子渐渐被结晶所包围而形成了结晶塔。“未知图腾”为小美建造结晶塔，是为了帮助小美忘却父母不见后的孤寂，但却加深小美深陷在完美的幻象世界里，渐渐的她的心逐渐化为结晶，整座塔也被水晶所覆盖。
接着，结晶继续向外扩散，开始吞噬一切。而因为小美想要妈妈，在塔中化身为她爸爸的炎帝，便将小智的妈妈抓进结晶塔充当小美的妈妈，使得小智无法置身事外。小智必须设法解救妈妈和小美，摆脱结晶塔神秘力量的控制。但是小美已经被扭曲的幻象迷惑，认定谁都不能抢走她的幸福，而厚重的心防则带来小智一行人重重难关！