東京・品川の閑静な住宅街で一家３人が惨殺される事件が起きた。現場に急行した御殿山署の刑事・名波洋一郎（反町隆史）は、奥のクローゼットに隠れ、ただひとり刃を逃れた５歳の次男・長原耕次を発見し、保護する。７歳のとき火事で両親を失い、妹・有希子（貫地谷しほり）とも生き別れとなった過去を持つ名波は、わずか５歳で突然、両親と兄を奪われた耕次のことを気にかける。
すぐに捜査本部が発足し、名波は捜査一課三係係長・鷹栖誠司（高橋克実）から、三係主任・香川崇（八嶋智人）とコンビを組むよう命じられる。三係は親分肌の警部・鷹栖が統率しており、通称“鷹軍団”とよばれる強者ぞろいの集団だった。名波と香川は、動物虐待を繰り返している近所の男・九鬼祐太（竜星涼）を疑うものの、明らかな目撃証言もなく、彼の存在はいつしか捜査線上から消えていた。
１年後――。名波は鷹栖に引き抜かれて捜査一課三係の一員となっていたが、品川一家３人殺害事件の有力な手掛かりは未だつかめず、捜査は難航していた。
ところが、その矢先、大田区蒲田の住宅で母親・沢松優子と息子・直純（山口大地）が惨殺される事件が発生！ 現場には品川の一家３人殺人事件の遺留品と同じタオルが残されていたほか、同サイズ、同メーカーの下足痕が検出されるなど、すべての証拠が同一犯であることを示唆していた。
だが、政治的圧力から、管理官の真壁繁樹（大杉漣）は合同捜査本部を立てないことを宣言。名波ら現場の刑事たちは反発する。その直後、名波は、殺された直純が鷹栖の次女・麻子（夏菜）の知り合いだったことを知るが…!?
そんな中、名波は有希子の周囲を、週刊誌記者・柿崎功（でんでん）がかぎまわっていることに気づく。ピアニストとしてヨーロッパで成功し、華々しく凱旋帰国を遂げた有希子は、ある理由から“中里美沙”と名を変えて生きていたが、柿崎はその事実をかぎつけて強請ろうとしていたのだ。名波は妹を守ろうと、柿崎と対峙するのだが…!?